因前列腺体表面有一层脂质包膜，大多数抗生素很难通过此膜进入前列腺体内发挥治疗作用，因此在选择抗菌药物时应遵循如下原则：
药物对细菌有较高的敏感性 。
确定应用的药物应以高脂溶性、高渗透能力、与血浆蛋白结合率低、 离解度高的药物为其标准。
两种以上并有增效作用的药物联合使用。
为使药物在前列腺间质中达到有效浓度并防止尿道感染的发生， 应提倡超大剂量和超时限(4～12周)的用药法。
常用药物：
复方新诺明 临床上常用复方新诺明，每次2片,每日2次，用药至少4 周。据报道,复方新诺明对慢性前列腺炎的疗效并不理想，主要因为前列腺液pH值增高，影响药物透入前列腺，使之达不到足够的杀菌浓度，故应用时疗程应尽量延长。
红霉素+卡那霉素联用 红霉素有较强的穿透前列腺上皮的能力，且能在酸性环境中离解为非脂溶状态,对全部金黄色葡萄球菌、链球菌均高度敏感，但对革兰氏阳性杆菌无效。卡那霉素虽仅有少量进入前列腺，但对金葡菌、大肠杆菌均高度敏感，故有协同作用。具体用法：红霉素2片(0.2克)，每日4次，口服，与卡那霉素0.5克，每日2次，肌注，连续10天后，改用复方新诺明2片,每日2次，共10天， 最后再用红霉素加卡那霉素10天(用量同前)，总共30天。
利福平+TMP联用 每日口服利福平3～4片(450毫克～600毫克)，磺胺增效剂200毫克,服用15天，改为利福平300毫克，磺胺增效剂100毫克,服用105天，标准疗程4个月。其缺点为利福平对肝脏有毒性，故应定期检查肝功能。
氟哌酸 每次服用0.2克,每日3次；或环丙氟哌酸口服0.5克，每日2次，连用15天。
美满霉素 成人每次100毫克，每日2次，连用4～6周为一疗程。
尽管长期使用上述抗生素，慢性前列腺炎的治疗失败率仍可达30％～40％，但反复几个疗程或长期预防性应用抗生素对一些病人确有帮助。
