首先应该取患者的尿液进行化验检查，以排除膀胱炎症的可能性。
同时还应该进行直肠指诊(通过直肠壁来检查前列腺腺体)，如果感觉前列腺肿大、发热并有触痛，我们应该高度怀疑前列腺炎。为了查找致病细菌，我们可以做精液涂片，在显微镜下进行检查，不过这种方法有时很难找到细菌。因此，许多医生认为只要能够在精液中找到白细胞即可确定为细菌感染并使用抗生素进行治疗。
通过前列腺按摩来获取前列腺液标本(以进行查菌化验)的做法目前还存在一定的争议，其具体方法为：通过直肠壁轻轻地揉挤前列腺，待尿道口有前列腺液滴出时用棉签擦拭涂片并放在显微镜下进行检查。有的医生认为这一方法是对前列腺炎进行病因诊断和病因治疗的准确方法。
不过，有的医生对这一做法持反对态度，他们认为前列腺按摩有可能促使细菌进入血流，从而导致严重的全身感染——败血症。前文曾经提过，如果单纯依靠显微镜有许多情况是检测不到细菌的，而细菌培养的方法可以大大提高致病菌的检出率。
前列腺按摩可能会损伤腺体(对前列腺炎患者尤甚)，不过通过按摩可以降低腺体内压力，从而可以使症状有所缓解。无论如何，患者本人是不可能进行自我按摩的，而且患者的妻子也不宜为丈夫进行按摩。这一切必须由专业医生来进行，否则前列腺损伤和全身感染(细菌进入血流所致)的危险性将大大升高。
最后值得一提的是，夫妻双方可能会来回传染对方，因此对所有性传播疾病(无论是真菌感染还是衣原体感染)患者来说，夫妻双方都应该接受检查和治疗。
