目前多认为白塞氏病是一种免疫异常性疾病，部分患者有明显的遗传易感性，此外还与病毒、细菌感染及微量元素缺乏等因素有关。
1、免疫异常
白塞氏病患者血清中存在多种自身抗体，如抗口腔黏膜抗体、抗动脉壁抗体等；血清中免疫复合物阳性率达60%，并与病情活动有关；血清中免疫球蛋白增高，淋巴细胞比例失调；血管周围、脑脊液、血管壁等病损处可见多种与免疫反应相关的物质。
2、遗传因素
白塞氏病有明显的地区性发病倾向，通过对表明人类遗传特征的物质HLA的研究发现，该病患者HLA-B5、HLA-B51的阳性检出率超过六成，并且发现其遗传方式可能为常染色体隐性遗传。
3、感染
急、慢性病毒感染，链球菌、结核杆菌等细菌感染可引起机体的变态反应，进而引发白塞氏病。有报道指出超过三成的白塞氏病患者有结核感染史，并且白塞氏病病情会随结核病的治愈而好转，同样也有关于白塞氏病与单纯疱疹病毒、链球菌及其他病原体感染相关的报道。
4、微量元素异常
有研究发现白塞氏病患者病损处氯、磷、铜等元素含量升高；也有研究发现病损处锌、硒含量偏低，这些因素也可能与本病有关。
