有些腹泻引起生命危险，需要及时治疗。通常见到的是鼠伤寒沙门氏菌感染性腹泻。大多是都是由于污染食物引起的。早产儿，体重低的新生儿更多见。还可以病房，新生室流行，新生儿患了这种病以后是比较重的，而且死亡率高，家长发现有这种病时要注意传染性强，尽快地隔离，一般接触3-4天后就发病，发高烧，大便呈黑绿色，粘稠，也有白色便，胶冻样便，稀水样便伴有明显腥臭味，家长发现有多样化大便时，就要仔细观察新生儿是否存在黄疸，腹胀。
病初或轻型病人可以服用庆大霉素每次1万单位，每日三次连服5-6天，但是如果有腹胀加重，黄疸有进展可能存在败血症，此外，如果新生儿有尖叫，抽风，脑膜炎时，应该及时送到医院抢救治疗是可以治愈的。但迁延时间比较长有时可以长达6个月，由于患病的时间长，消化不良可以变为营养不良，尿布疹，鹅口疮，尿道炎，肺炎，维生素缺乏，贫血等。
不同的病原菌引起的腹泻治疗不一样，采取饮食和补充营养原则和大孩子拉稀一样的。新生儿刚开始便稀时不能吃过多的奶水，如果母奶不足可添加稀释牛奶(1份水1份奶)千万不要操之过急，增加奶量过快。减轻胃肠负担，适当口服一些淡盐水，维生素c和已服用胃酶合剂和表飞鸣，帮助恢复消化机能，不同类型的腹泻使用维生素不同，如可以用一些黄连素，痢特灵，多粘菌素等，如果是病毒引起的腹泻，家长可不必给小儿消炎药。如果经过一般治疗以后大便不见好转，水泻达10余次以上时应抱小儿去医院诊治。
