前列腺增生的症状是非特异性的，并同许多疾病的症状相重叠，许多需与前列腺增生相鉴别的疾病甚至比前列腺增生更为重要。
神经源性膀胱
这类情况可由亚临床脑血管意外，中央型椎间盘脱出，糖尿病，如多发性硬化、肌萎缩侧索硬化和中枢系统肿瘤等神经系统疾病引起。在前列腺不增大，残余尿量不增加的情况下出现尿路刺激性症状，提示本病的存在，需做完整的尿流动力学检查以鉴别。
泌尿系统肿瘤
前列腺增生可出现血尿，如出现血尿，须通过尿细胞学、膀胱镜和详细的上尿路影像学检查以排除泌尿系统的肿瘤。
尿道狭窄
尿道狭窄可由尿路造影或膀胱镜诊断，但这些检查仅在怀疑有尿道狭窄时才做，因此有时手术后才能诊断尿道狭窄。前列腺增生非手术治疗者中尿道狭窄最可能被漏诊。
前列腺癌
单用直肠指诊不能准确鉴别前列腺增生和前列腺癌。甚至对疑似前列腺癌者进行活检能肯定为前列腺癌者也仅为4﹪~50﹪。前列腺特异性抗原是一种相对高度特异性但非高敏感的前列腺癌检查指标，对于非手术治疗的患者，如果前列腺特异性抗原高于10mg/L应作为经直肠超声引导下活检的指征。
