尖锐湿疣的诊断依靠可疑接触传染史，或肛门外阴瘙痒性皮肤病史，其次就是外阴、阴道、肛门有典型菜花状乳头瘤，再有就是依据病理检查或醋酸白试验支持尖锐湿疣的诊断。
临床诊断时注意排除以下疾病的可能：
（1）女阴假性湿疣和阴茎珍珠状丘疹：均为良性增殖性皮损，可能与局部炎症或分泌物刺激有关，与病毒感染无关，前者为小阴唇内侧密集，成片的鱼卵状或绒毛状丘疹，后者为环绕龟头冠状沟处排列成环状的丘疹，表面光滑，醋酸白试验阴性。
（2）扁平湿疣：二期梅疹的一种，可发于肛周外阴等皱折潮湿部位，为互相融合的扁平丘疹形成的浸润性斑块，表面可糜烂，有分泌物及臭味，局部可查见梅毒螺旋体，梅毒血清试验阳性。
（3）外阴肛门恶性肿瘤：为较大的实质性浸润性肿块，表面可形成溃疡，病理检查可见恶变细胞。
