临床诊断尖锐湿疣时，需注意与以下疾病相鉴别：

　　1.珍珠样阴茎丘疹病 阴茎冠状沟有平等排列的与丝状疣相似的病损，组织病理检查仅见肥大的乳头，其中覆以正常表皮。

　　2.女阴假性湿疣或绒毛状小阴唇 小阴唇或阴道前庭有白色或淡红色小丘疹，光滑，呈颗粒状、丝状或息肉状。组织病理可鉴别。

　　3.扁平湿疣 病损比尖锐湿疣宽而扁，为成簇的扁平丘疹，暗视野显微镜下可查到梅毒螺旋体，梅毒反应强阳性。

　　4.阴茎或外阴鳞状细胞癌 肿瘤向下浸润明显，可形成溃疡并发感染，局部淋巴结受累。组织病理可鉴别。

　　5.生殖器鲍温样丘疹病 生殖器部位多发性棕红色小丘疹。临床上像尖锐湿疣，但组织病理学上类似鲍温病的变化。